Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMA1Q9UHB6 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC21.77■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms