Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
USP54Q70EL1 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP54Q70EL1 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms