Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CHD3Q12873 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
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