Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SOX4Q06945 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms