Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
BRCA1P38398 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRCA1P38398 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms