Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL6A1P12109 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms