Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms