Protein–RNA interactions for Protein: P02381

VAR1, Ribosomal protein VAR1, mitochondrial, yeast

Predictions only

Length 398 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	P02381	tM(CAU)Q2	tM(CAU)Q2	78 nt		-0.27	□□□□□ -2.45
VAR1	P02381	tQ(UUG)Q	tQ(UUG)Q	76 nt		-0.27	□□□□□ -2.45
VAR1	P02381	snR52	snR52	92 nt		-0.27	□□□□□ -2.45
VAR1	P02381	YNL067W-B	YNL067W-B	141 nt		-0.29	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	YOR170W	YOR170W	306 nt		-0.29	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	snR69	snR69	101 nt		-0.3	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	YIL071W-A	YIL071W-A	477 nt		-0.31	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	YML100W-A	YML100W-A	174 nt		-0.31	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	PAU9	YBL108C-A	129 nt		-0.32	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	YDL007C-A	YDL007C-A	258 nt		-0.33	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	snR50	snR50	90 nt		-0.33	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	YPL060C-A	YPL060C-A	3315 nt		-0.34	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	snR46	snR46	197 nt		-0.34	□□□□□ -2.46
VAR1	P02381	YJL077W-A	YJL077W-A	87 nt		-0.35	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	PMP2	YEL017C-A	132 nt		-0.36	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	YGR146C-A	YGR146C-A	162 nt		-0.36	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	JLP2	YMR132C	627 nt		-0.36	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	tL(UAA)Q	tL(UAA)Q	85 nt		-0.37	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	YNL266W	YNL266W	420 nt		-0.37	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	tA(UGC)Q	tA(UGC)Q	76 nt		-0.38	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	Q0142	Q0142	177 nt		-0.38	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	YLR342W-A	YLR342W-A	174 nt		-0.38	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	RDS3	YPR094W	324 nt		-0.38	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	SEC10	YLR166C	2616 nt		-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	YER090C-A	YER090C-A	90 nt		-0.39	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	YBR178W	YBR178W	375 nt		-0.4	□□□□□ -2.47
VAR1	P02381	snR48	snR48	113 nt		-0.42	□□□□□ -2.48
VAR1	P02381	tD(GUC)Q	tD(GUC)Q	75 nt		-0.43	□□□□□ -2.48
VAR1	P02381	YHL015W-A	YHL015W-A	84 nt		-0.44	□□□□□ -2.48
VAR1	P02381	YBL053W	YBL053W	375 nt		-0.44	□□□□□ -2.48
VAR1	P02381	YDR406W-A	YDR406W-A	246 nt		-0.45	□□□□□ -2.48
VAR1	P02381	YLR286W-A	YLR286W-A	135 nt		-0.46	□□□□□ -2.48
VAR1	P02381	YNL198C	YNL198C	303 nt		-0.46	□□□□□ -2.48
VAR1	P02381	YOR102W	YOR102W	351 nt		-0.46	□□□□□ -2.48
VAR1	P02381	YNL205C	YNL205C	423 nt		-0.47	□□□□□ -2.48
VAR1	P02381	YJL150W	YJL150W	303 nt		-0.48	□□□□□ -2.49
VAR1	P02381	YDL159C-B	YDL159C-B	177 nt		-0.49	□□□□□ -2.49
VAR1	P02381	YJL113W	YJL113W	4647 nt		-0.49	□□□□□ -2.49
VAR1	P02381	URB1	YKL014C	5295 nt		-0.5	□□□□□ -2.49
VAR1	P02381	RPM2	YML091C	3609 nt		-0.52	□□□□□ -2.49
VAR1	P02381	snR67	snR67	82 nt		-0.53	□□□□□ -2.49
VAR1	P02381	SKI7	YOR076C	2244 nt		-0.54	□□□□□ -2.5
VAR1	P02381	snR33	snR33	183 nt		-0.54	□□□□□ -2.5
VAR1	P02381	SPG3	YDR504C	384 nt		-0.58	□□□□□ -2.5
VAR1	P02381	YLR299C-A	YLR299C-A	93 nt		-0.59	□□□□□ -2.5
VAR1	P02381	YBR196C-A	YBR196C-A	150 nt		-0.59	□□□□□ -2.5
VAR1	P02381	snR161	snR161	161 nt		-0.6	□□□□□ -2.51
VAR1	P02381	tT(UGU)G1	tT(UGU)G1	72 nt		-0.63	□□□□□ -2.51
VAR1	P02381	tT(UGU)G2	tT(UGU)G2	72 nt		-0.63	□□□□□ -2.51
VAR1	P02381	tT(UGU)P	tT(UGU)P	72 nt		-0.63	□□□□□ -2.51
VAR1	P02381	SOM1	YEL059C-A	225 nt		-0.65	□□□□□ -2.51
VAR1	P02381	YML054C-A	YML054C-A	159 nt		-0.65	□□□□□ -2.51
VAR1	P02381	YMR046W-A	YMR046W-A	129 nt		-0.65	□□□□□ -2.51
VAR1	P02381	tP(UGG)Q	tP(UGG)Q	72 nt		-0.7	□□□□□ -2.52
VAR1	P02381	YHR180C-B	YHR180C-B	105 nt		-0.73	□□□□□ -2.53
VAR1	P02381	YLR466C-B	YLR466C-B	117 nt		-0.73	□□□□□ -2.53
VAR1	P02381	YCR095W-A	YCR095W-A	159 nt		-0.75	□□□□□ -2.53
VAR1	P02381	YNL338W	YNL338W	159 nt		-0.75	□□□□□ -2.53
VAR1	P02381	YGR151C	YGR151C	336 nt		-0.77	□□□□□ -2.53
VAR1	P02381	tM(CAU)Q1	tM(CAU)Q1	76 nt		-0.79	□□□□□ -2.54
VAR1	P02381	YOR376W-A	YOR376W-A	156 nt		-0.79	□□□□□ -2.54
VAR1	P02381	YCL001W-B	YCL001W-B	255 nt		-0.79	□□□□□ -2.54
VAR1	P02381	YOL083C-A	YOL083C-A	141 nt		-0.81	□□□□□ -2.54
VAR1	P02381	YHL009W-B	YHL009W-B	5409 nt		-0.82	□□□□□ -2.54
VAR1	P02381	snR77	snR77	88 nt		-0.82	□□□□□ -2.54
VAR1	P02381	YBL071C-B	YBL071C-B	99 nt		-0.86	□□□□□ -2.55
VAR1	P02381	CDC65	tQ(CUG)M	72 nt		-0.87	□□□□□ -2.55
VAR1	P02381	YBR109W-A	YBR109W-A	225 nt		-0.87	□□□□□ -2.55
VAR1	P02381	RPL41A	YDL184C	78 nt		-0.91	□□□□□ -2.56
VAR1	P02381	YKL106C-A	YKL106C-A	120 nt		-0.91	□□□□□ -2.56
VAR1	P02381	YGR240C-A	YGR240C-A	201 nt		-0.92	□□□□□ -2.56
VAR1	P02381	YOL164W-A	YOL164W-A	183 nt		-0.92	□□□□□ -2.56
VAR1	P02381	snR38	snR38	95 nt		-0.92	□□□□□ -2.56
VAR1	P02381	YBR296C-A	YBR296C-A	120 nt		-0.93	□□□□□ -2.56
VAR1	P02381	YBR223W-A	YBR223W-A	120 nt		-0.94	□□□□□ -2.56
VAR1	P02381	YMR315W-A	YMR315W-A	108 nt		-0.95	□□□□□ -2.56
VAR1	P02381	snR47	snR47	99 nt		-0.95	□□□□□ -2.56
VAR1	P02381	snR81	snR81	201 nt		-0.98	□□□□□ -2.57
VAR1	P02381	YOR316C-A	YOR316C-A	210 nt		-0.98	□□□□□ -2.57
VAR1	P02381	YAL037C-A	YAL037C-A	93 nt		-0.99	□□□□□ -2.57
VAR1	P02381	YNL337W	YNL337W	255 nt		-1.01	□□□□□ -2.57
VAR1	P02381	tS(GCU)Q1	tS(GCU)Q1	86 nt		-1.05	□□□□□ -2.58
VAR1	P02381	tY(GUA)Q	tY(GUA)Q	84 nt		-1.05	□□□□□ -2.58
VAR1	P02381	YNR077C	YNR077C	255 nt		-1.05	□□□□□ -2.58
VAR1	P02381	YGL007C-A	YGL007C-A	87 nt		-1.07	□□□□□ -2.58
VAR1	P02381	YBL100W-C	YBL100W-C	120 nt		-1.08	□□□□□ -2.58
VAR1	P02381	Q0032	Q0032	291 nt		-1.1	□□□□□ -2.59
VAR1	P02381	YNL103W-A	YNL103W-A	90 nt		-1.11	□□□□□ -2.59
VAR1	P02381	YGL041C-B	YGL041C-B	183 nt		-1.14	□□□□□ -2.59
VAR1	P02381	YKL225W	YKL225W	348 nt		-1.15	□□□□□ -2.59
VAR1	P02381	YOR309C	YOR309C	381 nt		-1.15	□□□□□ -2.59
VAR1	P02381	YLR294C	YLR294C	330 nt		-1.22	□□□□□ -2.6
VAR1	P02381	YNL170W	YNL170W	396 nt		-1.22	□□□□□ -2.6
VAR1	P02381	snR61	snR61	90 nt		-1.24	□□□□□ -2.61
VAR1	P02381	YDR034C-A	YDR034C-A	177 nt		-1.24	□□□□□ -2.61
VAR1	P02381	snR6	snR6	112 nt		-1.25	□□□□□ -2.61
VAR1	P02381	YOR225W	YOR225W	330 nt		-1.25	□□□□□ -2.61
VAR1	P02381	YOR335W-A	YOR335W-A	81 nt		-1.29	□□□□□ -2.62
VAR1	P02381	YDL114W-A	YDL114W-A	114 nt		-1.3	□□□□□ -2.62
VAR1	P02381	YDL159W-A	YDL159W-A	132 nt		-1.3	□□□□□ -2.62

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