Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.33■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
USP49Q70CQ1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP49Q70CQ1 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP49Q70CQ1 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
USP49Q70CQ1 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP49Q70CQ1 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP49Q70CQ1 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
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