Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL7A1Q02388 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL7A1Q02388 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL7A1Q02388 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL7A1Q02388 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL7A1Q02388 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms