Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS54Q9P1Q0 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS54Q9P1Q0 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms