Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHANK3Q9BYB0 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms