Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NPHP3Q7Z494 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NPHP3Q7Z494 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms