Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
SP140Q13342 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
SP140Q13342 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SP140Q13342 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SP140Q13342 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SP140Q13342 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms