Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL4A4P53420 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms