Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
SMARCA1P28370 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SMARCA1P28370 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.7 ms