Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXD9P28356 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms