Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC87Q9NVE4 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms