Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
ZNF541Q9H0D2 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ZNF541Q9H0D2 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms