Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms