Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.1 ms