Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC112Q8NEF3 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC112Q8NEF3 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms