Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SDC1P18827 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SDC1P18827 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SDC1P18827 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SDC1P18827 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SDC1P18827 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SDC1P18827 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SDC1P18827 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SDC1P18827 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SDC1P18827 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SDC1P18827 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SDC1P18827 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms