Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX3Q9UBR4 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms