Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS54Q9P1Q0 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS54Q9P1Q0 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms