Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC140Q96MF4 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC140Q96MF4 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms