Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS39Q96JC1 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms