Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC40Q4G0X9 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC40Q4G0X9 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms