Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP4Q13107 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
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USP4Q13107 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
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USP4Q13107 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
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USP4Q13107 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
USP4Q13107 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
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USP4Q13107 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP4Q13107 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
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USP4Q13107 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
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USP4Q13107 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
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USP4Q13107 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
USP4Q13107 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
USP4Q13107 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
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