Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
COL3A1P02461 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
COL3A1P02461 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms