Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC27.08■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC27.08■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP54Q70EL1 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms