Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
USF3Q68DE3 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms