Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHMP4CQ96CF2 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHMP4CQ96CF2 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms