Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL6A3P12111 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL6A3P12111 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC21.33■■□□□ 1
COL6A3P12111 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL6A3P12111 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL6A3P12111 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
COL6A3P12111 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC21.3■■□□□ 1
COL6A3P12111 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL6A3P12111 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A3P12111 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A3P12111 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A3P12111 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A3P12111 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A3P12111 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A3P12111 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A3P12111 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL6A3P12111 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms