Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP4O75161 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
NPHP4O75161 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
NPHP4O75161 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
NPHP4O75161 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
NPHP4O75161 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP4O75161 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP4O75161 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP4O75161 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NPHP4O75161 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms