Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms