Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
CPSF3Q9UKF6 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CPSF3Q9UKF6 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms