Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIMA1Q9UHB6 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMA1Q9UHB6 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms