Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms