Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC42Q96M95 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms