Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms