Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC30.76■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.74■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.73■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC30.71■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC30.71■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
TCOF1Q13428 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC30.7■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC30.7■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC30.7■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
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