Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms