Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD9P28356 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD9P28356 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms