Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC26.95■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC26.95■■□□□ 1.91
COL3A1P02461 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL3A1P02461 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC26.89■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms