Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USP3Q9Y6I4 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms