Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
COL4A3Q01955 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
COL4A3Q01955 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms