Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC17.21■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
HOXA4Q00056 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms