Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
CUX1P39880 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC34.38■■■■□ 3.09
CUX1P39880 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
CUX1P39880 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
CUX1P39880 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
CUX1P39880 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
CUX1P39880 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
CUX1P39880 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC34.36■■■■□ 3.09
CUX1P39880 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC34.36■■■■□ 3.09
CUX1P39880 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC34.36■■■■□ 3.09
CUX1P39880 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
CUX1P39880 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CUX1P39880 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CUX1P39880 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CUX1P39880 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CUX1P39880 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CUX1P39880 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CUX1P39880 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CUX1P39880 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CUX1P39880 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CUX1P39880 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CUX1P39880 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CUX1P39880 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.09
CUX1P39880 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CUX1P39880 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CUX1P39880 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CUX1P39880 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CUX1P39880 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC34.32■■■■□ 3.08
CUX1P39880 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CUX1P39880 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CUX1P39880 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CUX1P39880 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
CUX1P39880 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CUX1P39880 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms