Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMA1Q9UHB6 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms